O‘zbekiston-Yaponiya yoshlar innovatsiya markazi 2015-yil 25-oktabrda imzolangan O‘zbekiston Respublikasi hukumati va Yaponiya hukumati o‘rtasidagi hamkorlik to‘g‘risidagi memorandumga muvofiq tashkil etilgan bo‘lib, o‘z faoliyatini 2016-yildan boshlagan. Markazda to‘rtta laboratoriya, jumladan, kimyo va neft-kimyo laboratoriyasi, foydali qazilmalarni qazib olish va chuqur qayta ishlash laboratoriyasi, energetika, qayta tiklanadigan energiya manbalari va energiyani tejash laboratoriyasi, mashinasozlik va materialshunoslik laboratoriyasi mavjud. UJICY Yaponiyadagi Nagoya universiteti, Tsukuba universiteti, Teikyo universiteti, Akita universiteti, Tokio texnologiya instituti, Kyushu universiteti, Yokogama milliy universiteti kabi universitetlarning tadqiqotchilari bilan yaqin hamkorlik qiladi. 2016 yildan 2023 yilgacha bo‘lgan davrda markaz xodimlari tomonidan 350 dan ortiq ilmiy maqolalar yozildi, ularning bir qismi yapon olimlari bilan birgalikda jahonning yetakchi jurnallarida chop etildi.
UJICY yosh olimlarning turli ilmiy-tadqiqot ishlarini olib borishi uchun qulay sharoitlar yaratish, fan va ishlab chiqarish o‘rtasidagi yaqin hamkorlikni ta’minlash, Yaponiyaning yetakchi universitetlari, ilmiy va innovatsion markazlari bilan hamkorlikda ilmiy va amaliy tadqiqotlar olib borish uchun hamkorlikni kengaytirish tarafdori. Markazni direktor va Vasiylik kengashi, jumladan, Yaponiya universitetlari va tashkilotlari vakillari boshqaradi.
Markaz jahon andozalari darajasida tadqiqot olib borish va ilmiy ishlanmalarni tijoratlashtirish imkonini beruvchi ilg‘or tadqiqot uskunalari bilan jihozlangan.
UJICY Yaponiya xalqaro hamkorlik agentligining (JICA) “O‘zbekiston-Yaponiya yoshlar innovatsion markazining ilmiy salohiyatini kuchaytirish loyihasi” (2019-2024) loyihasida ishtirok etib, uning doirasida bir qancha qisqa muddatli (3-6 oy) va uzoq muddatli amaliyot dasturlari tashkil etildi va Markaz xodimlari (doktorant va magistratura talabalari – jami 17 talaba) uchun malaka oshirildi.
Shuningdek, Yaponiya xalqaro hamkorlik agentligi (JICA) Markaz uchun maxsus jamg‘arma – Mirai jamg‘armasini tashkil etib, xodimlarga Yaponiya tadqiqot markazlari va universitetlari bilan hamkorlikda tadqiqot olib borish uchun yillik grantlar ajratdi.
Bugungi kunga qadar Markaz va Yaponiya universitetlari atrof-muhitni muhofaza qilish, tog‘-kon texnikasini mexanizatsiyalash va avtomatlashtirish, kimyoviy sintez va yangi materiallar ishlab chiqarish, metrologiya va standartlashtirish kabi yo‘nalishlarda ilmiy-tadqiqot faoliyatini boshladi.
UJICY vodorod energetikasi sohasidagi SATREPS O‘zbekiston-Yaponiya qo‘shma loyihasi, konchilik va resurslarni qayta ishlash bo‘yicha JSPS loyihalari hamda atrof-muhitni muhofaza qilish bo‘yicha ilmiy-tadqiqot ishlarini olib bormoqda. Tabiiy resurslarni o'rganish uchun UJICYda Akita universiteti bilan sun'iy yo'ldosh laboratoriyasi tashkil etilgan.