UJICY yosh olimlar uchun turli tadqiqotlar o'tkazish uchun qulay muhit yaratish, fan va ishlab chiqarish o'rtasidagi yaqin hamkorlikni ta'minlash, qo'shma ilmiy va amaliy tadqiqotlar o'tkazish uchun Yaponiyaning etakchi universitetlari, ilmiy va innovatsion markazlari bilan hamkorlikni faollashtirish uchun barcha sa'y-harakatlarni amalga oshiradi. Markazni direktor va Vasiylik Kengashi, shu jumladan Yaponiya universitetlari va tashkilotlari vakillari boshqaradi. Markaz jahon darajasidagi tadqiqotlarni o'tkazish va ilmiy ishlanmalarni tijoratlashtirish uchun ilg'or tadqiqot uskunalari bilan jihozlangan.
UJICY Yaponiya xalqaro hamkorlik agentligining (JICA) "O'zbekiston-Yaponiya yoshlar innovatsion markazining ilmiy-tadqiqot salohiyatini mustahkamlash loyihasi" (2019-2024) loyihasida ishtirok etadi, uning doirasida markaz xodimlari uchun bir qator qisqa muddatli (3-6 oy) va uzoq muddatli amaliyot va o'quv dasturlari (doktorlik va magistratura talabalari-jami 17 nafar talaba) tashkil etildi.
Yaponiya xalqaro hamkorlik agentligi (JICA) ham markaz uchun maxsus fond - "Mirai Fund" ni tashkil etdi - har yili xodimlarga Yaponiya tadqiqot markazlari va universitetlari bilan qo'shma tadqiqotlar o'tkazish uchun grantlar ajratadi. Bugungi kunga qadar markaz va Yaponiya universitetlari atrof-muhitni muhofaza qilish, konchilik muhandisligini mexanizatsiyalash va avtomatlashtirish, kimyoviy sintez va yangi materiallar ishlab chiqarish, metrologiya va standartlashtirish kabi sohalarda ilmiy-tadqiqot ishlarini boshladilar.
UJICY vodorod energetikasi sohasida O'zbekiston-Yaponiya qo'shma SATREPS loyihasi, tog ' - kon va resurslarni qayta ishlash, atrof-muhitni muhofaza qilish bo'yicha JSPS loyihalari bo'yicha tadqiqotlar olib bormoqda. UJICY tabiiy qazilma boyliklarini o'rganish uchun Akita universiteti bilan sun'iy Yo'ldosh laboratoriyasini tashkil etdi.